Se vuoi essere sicuro di ripulire bene l'iphone da cydia e cose varie dovresti prima di tutto rifare il jailbreak, poi da cydia fai sui pacchetti installati e li rimuovi attentamente tutto ciò che deriva da fonti esterne (è da tanto che non lo faccio, ma se non sbaglio di default dovrebbero esserci cose come bigboss, modmyiphone o nomi simili, queste sono le fonti). Tra i pacchetti troverai cose con nomi tipo "lib" o parole strane, queste assolutamente non devi toccarle perchè riguardano il firmware dell'iphone, tu togli solo le cose che derivano dalle fonti presenti appunto nella sezione fonti!
Anzi, se è ancora possibile (come ho detto, non lo uso da un po il jb), vai proprio nella sezione fonti, e da ognuna di essere rimuovi tutti i contenuti scaricati (se non sbaglio si distinguono dagli altri poichè restano evidenziati).
Una volta ripulito tutto (ti consiglio di aggiungerli prima tutti alla coda e poi eliminarli, perchè se lo fai uno per uno non finisci più

, dovrebbe fare il famoso "respring" simile ad un riavvio, appena si riaccende lo schermo (se compaiono messaggi di errore o qualunque cosa strana, tu ignorala) lo colleghi al pc e rifai il procedimento già fatto per rimuovere il jb, ovvero lo metti in dfu, ecc...
Alla fine di tutto, l'importante è che tu abbia fatto ripristina collegandolo al pc.
Tutto quello che ti ho elencato serve per:
1) rimuovere anche i file più interni del jb (se fai solo ripristina, questi file restano comunque e possono compromettere l'efficienza del telefono, anche in modo impercettibile).
2) ripristina per reinstallare da zero l' iOS, poichè in seguito agli altri passaggi potresti aver cancellato erroneamente dei file che permettono di far funzionare l'iphone, in questo modo va tutto a posto.
Se hai dei dubbi è meglio non fare questa cosa, sono comunque passaggi delicati, in ogni caso i 500mb sono occupati dall'ios, non potrai mai averli liberi, sono parte dell'iphone.